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 連鎖不平衡檢定(Linkage disequilibrium test)TDT

 

過去演講回顧

2007/10/17

陳君厚 博士 (中央研究院 統計科學研究所)

Applications of Matrix Visualization for Biomedical Information Mining

(矩陣視覺化於生物醫學訊息探勘之應用)

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演講預告及來訪學者

2007/11/22生物統計日-Biostatistics in Clinical and Genetic Studies
為促進本校與國內外學術交流,本中心將於20071122舉辦「生物統計日」研討會,本次內容以「Biostatistics in Clinical and Genetic Studies」為主軸,邀請的講者包括:王淑貞博士、熊昭博士、吳芳鴦博士、宋賢穎博士及戴政博士,報名及相關內容詳見以下網址,誠摯邀請您參加。
http://www2.cmu.edu.tw/~biostat/Biostatistics_Day/071122BiostatDay/index.html

2007/11/07
陳章榮博士 (美國食品藥物管理局國家毒理研究中心)
Ensemble Classifiers and Their Applications

2007/11/19~2007/11/27
王淑貞博士 來訪 (美國食品藥物管理局藥物評估研究中心)

2007/11/20
本中心陳錦華助理教授於11/20()受邀至實證醫學研討會「建構實證醫學/護理知識:統計分析之理論與應用」演講,演講題目為『Bayesian Meta-analysis』,可至此查詢詳細內容

2007/11/21
王淑貞 博士  (美國食品藥物管理局藥物評估研究中心)
Strategies and Challenges in Randomized Clinical Trials Addressing Individualization of Medical Treatments

 

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研究成果報導

國科會自然科學簡訊報導本中心教授研究成果

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生物統計諮詢師及種子教師訓練

活動名稱:生物統計諮詢師及種子教師訓練

活動時間:96109日下午1730 ~ 1900

961023日下午1730 ~ 1900

活動地點:立夫教學大樓15樓環醫所電腦教室

生物統計諮詢師及種子教師訓練第二次課程時間96109

由林保萱生統分析師介紹

訓練內容概述

1.      重複測量資料建檔格式

2.      重複測量資料處理

生物統計諮詢師及種子教師訓練第三次課程時間961023

由林保萱生統分析師介紹

訓練內容概述

1.      Data Presentation

2.      Numerical Summary Measures

3.      Theoretical Probability Distributions

活動名稱:種子教師訓練—SPSS軟體教材訓練

活動時間:961011日下午1710 ~ 1810分、
96
1025日下午17
10 ~ 1810

活動地點:立夫教學大樓9樓多媒體數位學習教室

活動概述:SPSS軟體操作教材

種子教師訓練—SPSS軟體教材訓練961011

由葉懿諄生統分析師介紹SPSS軟體操作

訓練內容概述

1. 摘要指標的呈現(敘述性統計)

2. 資料的表現(圖表呈現&敘述統計)

種子教師訓練—SPSS軟體教材訓練961025

由葉懿諄生統分析師介紹SPSS軟體操作

訓練內容概述

1. 單一樣本平均數的比較

2. 兩組樣本平均數的比較

3. 兩組樣本中位數的比較

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生統小教學

連鎖不平衡檢定(Linkage disequilibrium test)TDT(download)

【陳錦華助理教授】

  每個人細胞中的基因訊息是由上一代得來的,此訊息分布在染色體(chromosome)上,而人體的細胞有23對染色體,每對染色體一條來自父親,一條來自母親。而當細胞進行減數分裂(meiosis)時,使得染色體發生交叉而產生基因片段互換(recombination)的現象(圖一),因此染色體上的兩基因座(locus)距離較近時,則經過重組後,兩基因座位於同一條染色體的可能性較高,進而同時傳遞(或不傳遞)給下一代,此時我們稱之為 "連鎖"(Linkage);若兩基因座距離較遠時,則組重組後則較可能不在同一條染色體上,而子代只會接受到一個基因座的訊息。可說,其互換發生的可能性(互換率,recombination fraction)和兩基因座的距離呈正比。我們在執行基因定位(mapping)工作時,可利用這樣的特性,來尋找可能的致病基因座或稱候選基因座(candidate locus),即為連鎖分析及相關分析(Linkage analysis and association analysis),也是大家所關心的問題之一。

圖一、基因片段互換

我們有興趣的問題:尋找與標誌基因座(marker locus)產生連鎖效應的可能致病基因。若標誌基因座的位置和致病基因座相當靠近,使得在互換的過程,皆傾向產生連鎖效應,而同時傳遞給下一代,即二基因座是處於連鎖不平衡(linkage disequilibrium),表示患病者帶有此標誌基因的頻率高於正常者。相對而言,所謂基因座間達到連鎖平衡即可視為兩基因座是獨位事件的,其相互連鎖或不連鎖的機率相等,即患病者帶有此標誌基因的頻率和正常者沒有太大的差異存在。

在進行連鎖不平衡檢定時,為了避免因族群的異質性所產生的偽相關,常用的方法之一,是利用染病子代和親代三元體家庭(case-parent triad family)資料,可解決因干擾因素而影響分析結果。若特定標誌基因座上的對偶基因(allele)為Aa,我們收集染病的小孩、父、母親的標誌基因座的基因型(genotype)資料,分析傳遞及不傳遞的情形。

例如:資料如表一,由小孩的基因型可知,A來自父親,故父親的基因型(AA)中,其中一個A為傳遞另一個A為不傳遞,因此可記錄於表二中(1)處;小孩的基因型中,a來自於母親,故母親的基因型為AaA為不傳遞,a為傳遞,可記於表二中(2)處。因此染病小孩為AA,則父親的基因型記錄於表二(3)處,母親的基因型記錄於表二()處。

表一:

染病小孩的基因型

父親的基因型

母親的基因型

Aa

AA

Aa

AA

Aa

AA

表二:

不傳遞

傳遞

 

A

a

A

(1)

(2)

+

a

(3)

(4)

+

 

+

+

2n

若共收集了n個家庭的資料,則表二的資料總個數為2n,因為父母親的基因型中各有兩個對偶基因。事實上,表二中的(2)(3)才能提供有關傳遞的訊息。在此將介紹TDTtransmission/disequilibrium test)檢定統計量,即為McNemar統計量。

標誌基因和致病基因無連鎖且平衡(父母傳遞至染病小孩Aa的機率相等)

標誌基因和致病基因有連鎖且不平衡(父母傳遞至染病小孩Aa的機率不相等)

此統計量在虛無假設下,是漸近卡方分配(chi-square distribution),自由度(degrees of freedomdf)是1。在基因的研究中,亦將TDT擴展至多個標誌基因及致病基因討論、研究複雜性狀(complex traits)的數量性狀定位(mapping QTL)的研究等等。TDT的優點是不受族群異質性的影響,計算簡單;但它是非參數化(nonparametric)的方法(參數化的方法應具較好的檢定力,不該視TDT為最佳的檢定方法),故沒有考慮遺傳模式(inheritance model)。Zheng et al. (2002) TDT並非在所有的遺傳模式皆有最好的檢定力,只有在累加模式(additive model)具最佳檢定力,一般而言,族群的遺傳模式通常未知,此時使用TDT時要更加小心。

 

參考資料:
戴政(2002)遺傳流行病學-基因定位之遺傳設計與分析方法。藝軒圖書 出版社。

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本刊由中國醫藥大學 生物統計中心發行  網頁維護:林立偉